La CEE ha definito molte località dell'area mediterranea "siti di interesse comunitario" (SIC), per importanza ambientale. La Repubblica Italiana ha proposto sulla base del Decreto 25 marzo 2005, pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale della Repubblica Italiana n. 157 dell'8 luglio 2005 e predisposto dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, l'elenco di tali SIC nell'ambito della Regione Puglia, individuando 77 candidature. Fra queste, la parte maggiore riguarda la provincia di Lecce con ben 32 SIC. Nelle province di Brindisi e Taranto si sono individuati 8 SIC per ciascuna.
Le coste salentine
Le coste sono ampie e sabbiose soprattutto sul Mar Ionio, le cui acque sono caratterizzate a questa latitudine da una trasparenza e da cromatismi rari; spettacolari sono le scogliere a picco sul mare, soprattutto sul Mare Adriatico. Tra le spiagge più note ci sono quelle sabbiose di San Pietro in Bevagna,Porto Cesareo di Gallipoli, di Santa Maria di Leuca, di Otranto e di Ostuni, e per quanto riguarda le spiagge rocciose, tra le più notevoli meritano citazione Castro, Santa Cesarea Terme e Porto Badisco.
Le grotte carsiche
Le grotte si aprono lungo la costa orientale, incastonate nelle ripide scogliere che partendo da Santa Maria di Leuca giungono a Punta Palascìa (Otranto). Tali formazioni di natura carsica in corrispondenza di Castro, assumono un notevole sviluppo, di cui la Grotta Zinzulusa ne è il più significativo esempio, e al cui interno sono stati rinvenuti pittogrammi e vari reperti paleontologici, che insieme a quelli della vicina Grotta Romanelli sono per la maggior parte custoditi ed esposti nel museo di Maglie.
Gli oliveti
Le distese di alberi di olivo nelle campagne, sono state inserite nel 2007 nell'elenco dei 100 luoghi italiani da salvare dal Fondo per l'ambiente italiano.
L'Oasi protetta dei Laghi Alimini
L'oasi costituisce uno dei luoghi naturali più pregiati del Salento, con un ecosistema che ospita varie specie animali e vegetali e costituiscono una "Zona di Protezione Speciale" (ZPS), proposta come Sito di Importanza Comunitaria europeo (pSIC). Tra i maggiori luoghi di pregio dell'oasi dei laghi Alimini, è da segnalare sulla costa la Baia dei Turchi.
La Riserva naturale statale Torre Guaceto
La riserva si estende per circa 1.200 ha presentando un fronte marino che si sviluppa per 8.000 mt. L’area è configurata come un rettangolo più o meno regolare, con una profondità media di 3.000 metri, attraversata e divisa dalla strada statale 379. Una significativa varietà di ambiti diversificati si succedono in questo tratto costiero per alcune centinaia di metri verso l’entroterra. Al suo interno vi sono piccole zone umide che si formano durante e dopo le piogge e che scompaiono nei periodi più caldi, ed alcune risorgive di acqua dolce anche esse stagionali.
Il Parco delle Cesine
Il nome del parco trae origine dalle "cesine", stagni acquitrinosi sulla costa adriatica, è una zona umida formata dagli stagni Salapi e Pantano Grande, alimentati dalla pioggia e divisi dal mare da dune sabbiose.
Il Parco di Porto Selvaggio e Palude del Capitano
Il parco, istituito nel 2006, comprende sia la zona del parco naturale attrezzato (istituito nel 1980) sia la palude (classificata come area naturale nel 1997). La costa è rocciosa e frastagliata, e caratterizzata da pinete e macchia mediterranea. Lungo il litorale sono dislocate le affascinanti Torre dell'Alto e Torre Uluzzo.
L'Isola di Sant'Andrea
L'isola, sulla costa ionica, si estende per circa cinque ettari e dista poco più di un miglio dal centro storico di Gallipoli. È completamente pianeggiante e la sua altezza massima non supera i tre metri. Questa caratteristica, che porta l'isola ad essere spazzata dai marosi in caso di forte vento, la rende poco adatta ad ospitare una ricca vegetazione.
L'Oasi Palude La Vela
La palude, sulle sponde del Mar Piccolo di Taranto, è un'area naturale protetta di proprietà demaniale a valenza naturalistico-ambientale. L'ambiente è prevalentemente di tipo palustre, con canneto e macchia mediterranea, ampi acquitrini e zone periodicamente sommerse.
Il Parco Costa Otranto - Santa Maria di Leuca e Bosco di Tricase
Il parco comprende anche la zona dove sorge il faro di Punta Palascìa, punto più orientale d'Italia. L'istituzione dell'area protetta, dislocata lungo la costa orientale del Salento (costa alta a picco sul mare), mira a conservare e recuperare le specie animali e vegetali; salvaguardare i valori e i beni storico-architettonici; incrementare la superficie e migliorare la funzionalità ecologica degli ambienti naturali.
Il Parco Dune costiere da Torre Canne a Torre San Leonardo
Il parco, sulla costa adriatica, presenta habitat e ambienti costieri di elevato interesse naturalistico e paesaggistico, ed è rientrato nel progetto "Habitat prioritari" istituito dalla Direttiva n. 92/43/CEE. Presenta una vegetazione alofila e numerose dune ricoperte da macchia mediterranea, particolare ginepri (Juniperus oxycedrus e Juniperus phoenicea), lecci e garighe di Euphorbia spinosa.
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